昔、同じような事をやったことがあります。もっと短い期間しかない戻りでしたが、すんなり戻ってこれました。
ワーホリビザが発行されているので、一年間の有効期限内はそちらが優先されると言っていました。なので、もし、ワーホリビザの期限内だけど、観光ビザで入りたいと言ってもワーホリビザの期限内であれば、ワーホリビザが優先されます。
ビザ関係は色々と変更があるようですが、たぶん、この設定は変わらないと思います。